Vědci pod vedením týmu z Oxfordské univerzity vytvořili novou veřejně dostupnou databázi Unknome, která je sborníkem tisíců nedostatečně prozkoumaných proteinů pocházejících z našeho genomu. Odborníci věří, že se Unknome na rozdíl od jiných databází bude časem postupně zmenšovat.
I tajemné proteiny mohou najít své využití
Od zveřejnění prvního návrhu lidského genomu v roce 2000 je jasné, že naše DNA kóduje tisíce možných proteinových sekvencí. Identita a funkce mnoha z nich jsou stále neznámé. K jejich tajuplnosti přispívá mimo jiné fakt, že řada genů není snadno přiřaditelná ke známým proteinům, a chybí tak vodítka k odhalení jejich účelu. Těmto neprozkoumaným genům se pak nevěnuje značná pozornost, jelikož postrádají význam pro medicínu, farmacii či biochemii. Autoři databáze Unknome však tvrdí, že identifikace těchto genů a proteinů z nich pocházejících je pro další rozvoj genomiky klíčová. Pokud se totiž v budoucnu jejich funkci podaří odhalit, bude snazší mít po ruce databázi obsahující další užitečné informace.
Jak to celé funguje?
Důkazy ze studií genové exprese a genetické variability navíc naznačují, že mnoho z nedostatečně charakterizovaných proteinů je spojeno s řadou nemocí. Moderní věda a medicína však zatím nezjistila, jakým způsobem toto spojení funguje, a nelze je tak v léčbě efektivně využít. To se však může v nadcházejících letech změnit.
Databáze Unknome přiřazuje každému proteinu určité skóre jeho „známosti“. V něm se odráží informace o funkcích a vlastnostech popsaných ve vědecké literatuře. U spousty záznamů se přitom skóre blíží nule. Velkou výhodou však je, že sami uživatelé mohou jednotlivým proteinům připisovat vlastní skóre, a tím pomoci databázi dále formovat.
Vědci ověřili znalosti databáze v praxi
Příklad využití databáze ukázali její samotní autoři, když se rozhodli prozkoumat 260 lidských genů, které bylo možné nalézt i u mušek rodu Drosophila. Při následném vyřazení funkce těchto genů za pomocí RNA interference bylo zjištěno, že mouchy modifikaci genomu nepřežijí. Ačkoliv je tedy o těchto genech známo poměrně málo, pro život hmyzu – a nejspíš tedy i člověka – jsou naprosto esenciální. Existují přitom další tisíce podobných genů, o nichž zatím odborníci neví skutečně vůbec nic. Z praktického hlediska tak Unknome poskytne vědě pomyslný odrazový můstek v honbě za neznámým.
Zdroje:
